Finalmente ho capito il principio di funzionamento di questi script "users online"!

Se un utente visita una pagina, viene lanciata una query che salva sul DB l'id della sessione e il timestamp dell'apertura.
Se in quel momento nella tabella del DB ci sono record di altre sessioni più vecchie di n secondi, con l'occasione vengono cancellate.
La parte di pagina php incaricata al conteggio di utenti non fa altro che contare gli id di sessione il cui timestamp sia maggiore di NOW - la durata media stabilita arbitrariamente per la visita di una pagina!!!!!!!!!

E tutto qua era il casino......?!?!?!??

Che roba, io pensavo che ci fosse un sistema diverso che definisse il timeout di conteggio di un visitatore... Ma così diventa tutto semplicissimo. E' tutto deciso a braccio.
Brutto che non si trovino spiegati i meccanismi base...