Non so che DTD usi, ma IE si comporta in modo ambiguo con alcune DTD "vecchie" o senza DTD (invece non dovrebbe avere questi problemi con XHTML Strict).

Prova comunque a togliere eventuali spazi e acapo che ci possono essere tra la fine del div che precede ed il div che segue, cioe` tra </div> e <div ...> (sto parlando del codice HTML, non del CSS).