fondamentalmente è un piccolo database binario che consente di legare gli URL al contenuto della cache (in questo caso i cookies)... ma esistono altri index.dat in altre cartelle con un ruolo simile.
In passato questi file sono stati oggetto di controversia a causa del fatto che il loro contenuto non viene cancellato in seguito alla cancellazione della cache. In questo modo una analisi dei file index.dat potrebbe far risalire ai siti visitati dagli utenti.
Se vuoi puoi cancellare il file index.dat dalla modalità provvisoria, ad un nuovo avvio di IE verrà ricreato automaticamente.