Risolto!

era un problema nel ciclo for.
Questa era la soluzione, per chi possa averne bisogno in futuro...

int n=assey;

for(i=0; i<assex; i++)
{
for(j=0; j<assey; j++)
{
img(i,j) = image.GetPixelGray(i,n);
n--;
}
n=assey;
}