Per aggiungere gli zeri
http://se2.php.net/manual/it/function.str-pad.php

Per separarle a gruppi di due
Codice PHP:
$nuova '';
$str "4609a6";
for (
$i 0$lun strlen($str); $i $lun$i++) {
$i != 0  $nuova.= $str{$i}.' ' $nuova.= $str{$i};
}
echo 
$nuova
Sicuramente ci saranno modi migliori rispetto a questo.