io facevo così:

evento load del client
function window_onload()
{
var messaggioJS = "<%=messaggioJS%>";
if(messaggioJS.length != 0) alert(messaggioJS);
****


nella pagina server

Protected messaggioJS$ = "" 'serve nel client

e lo valorizzo lungo la pagina

***
Catch ex As Exception
Me.messaggioJS = Libreria.toStringaJS(ex.Message)
***

la funzione toStringaJS è

'----------------------------------------------
'sostituisce caratteri strani in stringa per js
'----------------------------------------------
Public Function toStringaJS$(ByVal s$)
s = s.Replace("\", "\\")
s = s.Replace("""", "\""")
s = s.Replace("'", "\'")
s = s.Replace(vbNewLine, "\n")

Return s

End Function