http://it.php.net/manual/it/function.md5-file.php
http://it.php.net/manual/it/function.sha1-file.php

quando fai l'upload ti calcoli il valore md5 o sha1 del file tramite queste funzioni e lo metti in un campo indicizzato della tabella, l'efficienza è elevata e le prestazioni sono buone, rispetto all'upload (soprattutto alla lentezza di collegamento) non dovresti avere problemi, poi fai qualche test magari puppano molta memoria.

Se poi vuoi ridurre praticamente a 0 il rischio di collisioni usale entrambe e mettile in 2 campi distinti.
Ciao