http://dev.mysql.com/doc/refman/4.1/...from-3-23.html
http://dev.mysql.com/doc/refman/4.1/...-from-4-0.html
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/...-from-4-1.html

meglio che controlli tu stesso. Cambiano troppe cose e non solo per le tabelle in se che potrebbero pure essere compatibili, ma anche per la sintassi usata nelle queries a seconda del livello di impostazione dell'SQL-mode.