In PHP non è possibile manipolare oggetti del browser quali l'apertura delle finestre. Per questo tipo di operazioni devi per forza utilizzare linguaggi client-side come javascript. D'altra parte javascript non ti permette di utilizzare database o altro...

Per il cookie... ti posto l'url di una pagina in cui trovi le funzioni js per leggerli e scriverli:
http://www.mach5.com/support/analyze...JavaScript.htm

Il concetto è molto semplice: quando un utente clicca su "OK" per entrare nel sito imposti un cookie con un valore positivo (1) e scadenza a 86400 (i secondi di un giorno).

Il secondo passaggio è controllare l'esistenza di tale cookie PRIMA di lanciare la finestra di conferma: se il cookie c'è allora si entra senza finestra, se il cookie non c'è allora visualizzi la finestra.

Marco.