Non puoi interpretare l'html con fpdf, o almeno cosi' credo, devi ricostruirti tutto da capo, senza ragionare come ragioni per una pagina web.

Devi costruirti su carta il risultato che vuoi ottenere e poi vai avanti a ricostruirlo, se hai una tabella in html dovrai farti una tabella in fpdf senza usare i tag html......

Nel link che ti ho postato prima spiega per filo e per segno come creare una tabella, anche complessa...