Ti dico subito che non sono esperto (quindi se qui o in altri forum qualcuno con più esperianza di me ti dice cose diverse, prendi le sue per vere ) per ora ho fatto solo un sito con OsCommerce.

Comunque, quando installi OsCommerce sul server non fai altro che caricare tutte le cartelle sul tuo spazio web (ad es. www.nomesito.com) e lanciare l'installazione. Se tu hai un altro negozio ad es. su www.nomesito2.com la vedo dura che tu riesca a farlo funzionare senza installare anche su questo spazio web OsCommerce.

Per quanto riguarda la guida prova a dare un okkio qui:

http://www.opencommercio.com/CMpro-map.html