allora, il fatto di suggerire di eseguire uno script con file più piccoli è proprio per vedere se la dimensione dei file in gioco ed il tempo di esecuzione non siano la causa del fallimento della procedura. Siamo tutti d'accordo che il tuo script dovrà funzionare indipendentemente dalla dimensione del tuo file xml... però se non si sa a priori quale che sia il problema la vedo dura.

Se come penso è dovuto a mancanza di memoria o al timout troppo breve, contatta l'hoster e vedi se si può modificare (pagando, si intende, si ottiene quasi tutto in termini di hosting), altrimenti vediamo che c'è che non va nello script.