Se non ricordo male per installare Win98 bisognava partire da un floppy di boot e non dal cdrom.
Comunque se riesci a partire dal cdrom, per formattare C: devi essere nella root del lettore all'intero della directory in cui è presente il comando format e non in c:
Ad esempio il comando dovrebbe essere del tipo D:\FORMAT C: oppure D:\nome directory\FORMAT C: .
Per quanto riguarda la partizione, se l'HD è partizionato NTFS, per poter installare Win98 devi partizionare il disco FAT32.

Una curiosità (se posso) : perchè devi passare da XP a Win98 ?