Non sono espertissimo quindi non ti saprei indicare cosa è melgio ma:

- MyISAM è il tipo predefinito di MySQL che garantisce ottime performance.
- InnoDB è un tipo di tabella molto potente che ti permette di sfruttare le FOREING KEY, transizioni ecc.

Comunque se dai uno sguardo in rete o sul sito trovi sicuramente tutto ciò che ti serve sapere.

Ciao.