Crea un file pif in cui inserisci come "cartella di lavoro" la cartella del programma, quindi avvia il pif. In alternativa puoi usare Process.Start passandogli un ProcessStartInfo in cui avrai specificato come WorkingDir la cartella del programma:
codice:
Dim ps As Process
Dim psi As New ProcessStartInfo("c:\progdos\dos.exe")
psi.WorkingDir="c:\progdos\"
ps=Process.Start(psi)
.