Devi aggiungere all'attributo "name" del tag "checkbox" le parentesi quadre ( [] ) per rendere il valore in array.

codice:
<input type="checkbox" name="id[]" value="1">
<input type="checkbox" name="id[]" value="2">
<input type="checkbox" name="id[]" value="3">
Nell'esempio ho utilizzato "id" come nome, quindi dopo aver verificato se il modulo è stato inviato o meno, otterrai tutti i dati selezionati tramite i checbox in $_POST['id'].

Giusto per verificarne il funzionamento, nella pagina che riceve i dati inviati dal form metti un bel

print_r($_POST['id']);

Ovvio che dovrai sapere tu cosa vorrai farne dei dati, resta il fatto che li potrai trattare come più ti aggrada con tutte le funzioni messe a disposizione per gli array...