Si deve fare ancora un'altra considerazione.
Il sito è diviso in directory e/o sezioni?
Hai le statistiche di quelle sezioni?

Faccio un esempio con il forum di HTML, anche se i forum sono a basso CTR perché hanno una sostanziale frquenza di refresh

Es: mettere un banner nella sezione OT, dove sono presenti molti più utenti che nelle altre sezioni, non ha lo stesso costo di un banner messo in una sezione meno visitata.

La tua home page fa N accessi.
La pagina dei prodotti, ad esempio, fa meno della home page.
Mettere un banner nella home ha un costo, metterlo in quella dei prodotti ne ha un altro.
Poi se hai una colonna, o due, fisse e sempre uguali nel sito il problema non si pone.