Prova a sostituire solo i caratteri accentati in modo da lasciare inalterati i vari tag html contenuti nel testo.

Codice PHP:
$str = str_replace(array('à', 'è', 'é', 'ì', 'ò', 'ù'),
                   array('à', 'è', 'é', 'ì', 'ò', 'ù'),
                   $str);