Se i form hanno lo stesso nome ottieni una collezione di form e dovresti specificare l'indice del form interessato.
Ti conviene passare il form alla funzione
codice:
onClick='return controlla_dati(this.form);'
e naturalmente modificare la funzione così
codice:
function controlla_dati(ff) 
{
var jqta = ff.elements["qta[]"].value ;

if((jqta == "0") || (jqta == ""))
{ 
alert("Inserire la quantità richiesta per questo articolo.");
return false;
}

}