Non riesco a capire bene quello che intendi.

Carichi 2 css diversi: 1 per il sito in generale e 1 per il menu?

Il javascript cosa c'entra? A cosa serve?

Se ti sballa vuol dire che il tuo codice asp genera un codice HTML non corretto, o che comunque crea problemi al CSS.
Hai provato a validare la pagina con validator.w3c.org?

Comunque non è che un CSS prevale sull'altro.
Sei tu che devi stare attento a non sovrascrivere (in due css diversi) le stesse proprietà (a meno che tu non voglia farlo volontariamente).

Comunque dalla terminologia che usi mi sa che devi perfezionare qualche conoscenza di base


E senza uno straccio di codice è quasi impossibile capire.