Spero di ricevere aiuto, comunque in parte ho risolto la doppia chiamata uguale in questo modo:
anzichè richiamare dirattamente la funzione ahah() dal link, richiamo questa funzione intermedia:

function carica(url1, target1, url2, target2, parameters) {
ahah(url1, target1, 5, 'POST', parameters);
setTimeout("ahah('"+url2+"','"+target2+"',5000,'PO ST','"+parameters+"')", 2000);
}


purtroppo la prima chiamata ahah (file php semplice) viene eseguita perfettamente, la seconda (file php + query) no.
Ma la cosa strana è che rimane vuota solo la parte finale in cui utilizzo query, mentre la parte php appare correttamente.

Allora mi è venuto un dubbio... ho visto che il file che viene richiamato in innerHTML non riconosce variabili di sessione o altre variabili già presenti nella pagina in cui viene inserito... quindi in ogni pagina che richiamo devo includere nuovamente tutti i files per connettersi al database, giusto?