perche' nel while ad ogni giro definisci le variabili senza un indice e quindi si sorvrascrivono.
Codice PHP:
                                                                             $contatore=1;
                        while($row=mysql_fetch_array($query)){
$contatore++;
                            $cognome[$contatore]=$row["Valutazione_alunno_cognome"];
.... 
l errore dovrebbe stare qui.. sovrascrivi le variabili.