Codice PHP:
document.getElementById("guardavideo").innerHTML = "<a href=\"#portfolio\" onclick=\"mywin001=openIT('video.php?id=" + idvideo + "&num=" + numvideo + "',343,317,null,null,'',1,true,true,true);return false;\">Guarda il video</a>

</p>"; 
Ricordati sempre di mettere la funzione che assegni all'onclick fra doppi apici!
Dovrebbe andare ...
HTH
Zappa