Freehand sicuramente ha qualche problema con la calibrazione dei colori, io diverse volte ho riscontrato problemi simili nell'importazione.

Comunque il fatto che non ci sia molta differenza tra rgb e cmyk e normalissimo.
Il fatto e che tutto lo spettro dei colori che si possono ottenere in cmyk, e riproducibile tranquillamente in rgb, non viceversa, in quanto lo spettro rgb e piu ampio rispetto al cmyk.

Lavorando in uno spazio rgb, qualsiasi prova che tu possa fare in cmyk è sempre una simulazione, in quanto il computer conosce solo l'rgb.

Se tu da photoshop fai Visualizza>imposta prova> cmyk di lavoro

la tua immagine verrà visualizzata con un avvertimento su quei colori che verranno modificati in stampa, e che a monitor compaiono grigi.

Io quando lavoravo nel campo della grafica editoriale non lavoravo mai in cmyk in quanto come profilo è molto meno verastile rispetto all'rgb(vedi photoshop che non ti fa utilizzare molti filtri in tale spazio di lavoro).

Hai provato con l'eps?