Potresti fare una cosa cosi':

Codice PHP:
foreach($arraygiornimese as $giorno){
//#colore sostituisci col codice del colore interessato
if($giorno == date('d',time())){
?><FONT  COLOR="#colore"><?=$giorno;?></FONT><?php
}elseif(in_array($giorno,$arrayNumeriSelezionati)){
?><FONT  COLOR="#colore"><?=$giorno;?></FONT><?php
}else{
echo $giorno;
}