tutto dipende da parametro Movie nel tag object.
Se l'SWF usa path relativi interni per raggiungere questi filmati, si baserà su quel parametro per trovarli.

Se includi quel file in un'altra sottodirectory (quindi directory diversa, ma include e codice uguale) ovviamente perderà i riferimenti relativi ai filmati.

Non conoscendo il codice nell'SWF e non avendo sott'occhi come hai scritto il tag object è solo una supposizione...prova a controllare.