stai utlizzando le classi sbagliate...
tu apri il documento xml come fosse un normale file ascii..
in realtà ci sono delle librerie scritte apposta per la gestione di documenti xml con un sacco di metodi utili per aggiungere o eliminare nodi ecc...
una di queste (per php5) è la classe DOMDocument..
dai un occhiata al manuale di php e vedrai che trovi tutto ciò che ti serve...

ciao
citrus