Sia PHP che javascript possono essere considerati l'inguaggi 'embedded': li si può in pratica mischiare con il codice HTML.
Ti faccio un esempio così riesco a essere più chiaro
codice:
<html>
<head>
<script language="javascript" type="text/javascript">
alert('hello world');
// tutto quello che sta fra questi due tag verrà interpretato lato client come script javascript!
</script>
<script language="javascript" type="text/javascript" src="miofile.js">
</head>
<body>
Codice PHP:
<?php
echo "hello world";
// tutto quello che sta qui invece verrà interpretato lato server come PHP!
?>
</body>
</html>