1) hai detto che di flash non conosci molto, a quel punto un programma vale l'altro ed in effetti Macromedia/Adobe ha un programma fatto apposta per le applicazioni interattive per CD, è Director, ma costa molto più di Flash e non so se ne valga la pena per un unico progetto

2) impossibile, a meno che tu non voglia rinunciare completamente all'interattività... creare tutto in visuale potrebbe andare bene per un cartone animato, non per un'applicazione come quella descritta

3) certop che puoi, flash mette a disposizione, nella pubblicazione, la possibilità di pubblicare in EXE, ovviamente non è come fare un sito internet, le problematiche sono diverse, così come anche determinati comandi