http://it.php.net/manual/it/function...yresampled.php

Come puoi vedere dalla miriade di parametri che riceve puoi dargli le coordinate e le dimensioni della porzione di immagine che vuoi copiare e la posizione e la dimensione nell'immagine di destinazione....

Ora sta a te tagliare il pezzo cvhe ti interessa e copiarlo sull'immagine risultante..