Quello si chiama NameSpace e va gestito in modo appropriato:
codice:
// Creo il NameSpace
Namespace ns = Namespace.getNamespace("q1", "http://ivaservizi.agenziaentrate.gov.it/docs/xsd/fatture/v1.2");
// Indico il NameSpace per ciascun elemento in cui va indicato.
Element rootElement = new Element("FatturaElettronica", ns);
rootElement.setAttribute("versione", "FPR12");
// Il NameSpace viene aggiunto automaticamente, non va dichiarato come attributo!
// Creo il Document, ecc...
Document doc = new Document( rootElement );
doc.setRootElement( rootElement );
Ciao.