ciao
bisognerebbe vedere un po del codice che hai scritto per capire meglio 
cmq ti allego un po di codice che ho usato per un prog fatto qualche mese fa con fpdf che funziona regolarmente, magari ti torna utile. questo scrive un file pdf da qualche parte sul FS per poi essere scaricato
codice:
$pdf = new FPDF('P','mm','A4');
$pdf->AddPage();
$pdf->Image($_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].'/img/sblogo.jpg',10,8,90);
$pdf->SetFont('Arial','B',16);
$pdf->Cell(20, 100, "Concorso: ".$titolo_concorso, 0, 1);
$pdf->SetFont('Arial','B',16);
$pdf->MultiCell(0, 10, $descrizione, 0, 1);
$pdf->SetFont('Arial','',16);
$pdf->MultiCell(0, 10, 'varie righe di testo varie righe di testo varie righe di testo ');
$pdf->SetFont('Arial','B',16);
$pdf->MultiCell(0, 10, "altro testo altro testo...", 0, 1);
$pdf->SetFont('Arial','',16);
$pdf->MultiCell(0, 10, 'testo testo testo testo testo');
$pdf->SetFont('Arial','B',16);
$pdf->MultiCell(0, 10, $organizzazione, 0, 1);
$pdfDir = $_SERVER['DOCUMENT_ROOT']."/concorso/pdf/".$id_concorso;
if(!is_dir($pdfDir))
mkdir($pdfDir, 0777);
$fileVaucher = $pdfDir."/".$vaucher.".pdf";
$pdf->Output($fileVaucher, 'F');