Non permettere agli hackers di uploadare file e cartelle

[natron]

Ho notato in un mio sito che degli hackers si divertono ad installare shell e compagnia bella...
Non ho installato nessun CMS ma solo creato un'area amministrativa da cui il gestore del sito, mediante login e password, accede per aggiornarsi le sezioni dinamiche.
Ho cercato di rendere tutto il più sicuro possibile, mettendo anche i più svariati controlli nel classico form dei contatti: ma ahimè sti maledetti hackers riescono ad uploadare cartelle e file.

Vorrei quindi che sia nella root dell'hosting sia in tutte le sottocartelle contenute (tranne una) non sia possibile creare directory o uploadare file, anche magari settando permessi (solo che per la root non è possibile).

Magari dovrei usare .htaccess?

Solo una cartella viene utilizzata dal pannello di controllo PHP per uploadare foto, come dovrei configurare l'eventuale file .htaccess qui?

Grazie mille

[natron]

L'assistenza di Aruba mi dà la solita risposta:
"Tutte le applicazioni di terze parti vanno aggiornate e mantenute in sicurezza con gli eventuali fix rilasciati dalle rispettive case produttrici."

Ma io ho scritto loro che non utilizzo alcuno script, se non codice scritto da meeeeeee !!!!!!!!