sottocartelle nel sito fanno differenza?

[Simoxxx]

Salve,
ho bisogno di sapere, magari documentato con qualche link (forse chiedo troppo...?), se per l'indicizzazione, il posizionamento di un sito su google fa differenza inserire le pagine interne del sito in sottocartelle.
Naturalmente ogni pagina contiene i meta tag con le parole chiave.
Quindi, è meglio:

1. mettere nella root del sito insieme all'index.html tutti gli altri file
2. mettere nella root del sito l'index.html e una sottocartella che contiene gli altri file


Grazie,

Simoxxx

[Simoxxx]

Nessuno che sa darmi una risposta...?
Ho letto che spesso si consigliano le directory rispetto ai sottodomini.... ma non è il mio caso in quanto non ho necessità/possibilità di utilizzarli.
Ho solo un sito che contiene tutte le pagine, escluso l'index, in una sottocartella nello spazio riservato al dominio es.:

root/index.html
root/nome_sottocartella_simile_al_dominio/ tutti gli altri file

Il problema è che google non lo posiziona come primo risultato .... mentre un altro sito funziona correttamente... qdi mi chiedo: dipende dalla sottocartella ?

Thxxx