per modificarlo ti conviene usare la funzione file() che importa il file in un array.
Ogni indice dell'array corrisponde ad una linea, individuata la linea da modificare modifichi l'indice dell'array corrispondente ad esempio:
codice:
$filename = '/percorso/nomefile.txt'
$contents = file($filename);
// modifico la linea 2 (ricorda che il conteggio parte da 0)
$contents[1] = 'nuovalinea';
// ora apri il file in scrittura
$handle = fopen($filename, 'w');
// riporti l'array ad una stringa con i ritorni a capo
$contenutofile = implode("\n", $contents);
// scrivi
fwrite($handle, $contenutofile);
// chiudi il file altrimenti non viene salvato
fclose($handle);
se non capisci i comandi cercali sul sito www.php.net, ci sono gli esempi che spiegano bene.
Ciao