Ma vuoi solo togliere gli eventuali spazi?
poniamo che tu abbia i files in /files/ e li vuoi mettere in /file_ordinati/{lettera}
codice:
$dir_partenza = '/files/';
$dir_destinazione = '/files_ordinati/';
$elenco_files = glob($dir_partenza.'*');
foreach($elenco_files as $file) {
$path_parts = pathinfo($file);
$nome_file = $path_parts['basename']
$nome_file = str_replace(' ', '_', $nome_file);
$iniziale_file = strtoupper($nome_file{0});
$final_dest = $dir_destinazione.$iniziale_file;
if(!is_dir($final_dest)) {
mkdir($final_dest);
}
rename($file, $final_dest.'/'.$nome_file);
$query = "INSERT.....";
}