Apri il file, lo leggi tutto dentro ad una variabile o un array o comunque una struttura che ti possa andare comoda per l'operazione che devi fare, modifichi la terza riga, risalvi tutto il file sovrascrivendo quello esistente. Se il file non è molto grosso così può andare. Altrimenti c'è un altro modo che ti permette di sovrascrivere dati già presenti su un file:
esempio:
nel file C:\prova.txt c'è scritto 00000000
applico questo codice
codice:
FileStream stream = new FileStream("C:\\prova.txt", FileMode.Open);
stream.Seek(4, SeekOrigin.Begin);
StreamWriter writer = new StreamWriter(stream);
writer.Write("1");
writer.Close();
stream.Close();
ne esce
00001000