Probabilmente l'applicazione ha degli url assoluti al suo interno...nello script
codice:
#!/bin/sh
export JAVA_HOME=PATH_ALLA_TUA_JAVA_HOME
java PATH_AL_FILE_JAVA_CHE_VUOI_LANCIARE
#oppure PATH_ALLO_SCRIPT_CHE_LANCIA_LA_TUA_JAVA_APP
al posto di java PATH_AL_FILE... prova a sostituire queste 2 righe:
codice:
cd /PATH/ESEGUIBILE/
java eseguibile
così da far diventare lo script:
codice:
#!/bin/sh
export JAVA_HOME=/usr/java/java_05_06/
export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH
cd /var/james/bin
# Qui lanci l'applicazione: se lo script è run.sh, fai ./run.sh
Spero di aver compreso ed essere stato chiaro 
Gab 
PS l'applicazione james ha uno script da lanciare oppure non so, un file jar?