I permessi in questione non sono sufficienti se il proprietario o il gruppo non sono "apache" o "www-data" (a seconda della distribuzione che usi).
Prova a dare provvisoriamente 777, fai le modifiche che devi fare e poi rimetti il file in sola lettura che va bene.
Altrimenti devi usare l'FTP Layer, o cambiare proprietario e gruppo.