In effetti visualizzando con <pre></pre> gli spazi ci sono, allora il problema è un altro ma non riesco a capire quale...
Codice PHP:
$contenuto = file("$filetesto");
$rig = count($contenuto);
for ($cf=0; $cf<$rig; $cf++) {
$testo = substr($contenuto[$cf], 0, 6); .....
$testo prima mi dava PROVA1 adesso mi da ROVA1, è come se si fosse aggiunto uno spazio davanti ad ogni riga, cosa può essere?
se provo a fare: echo "<pre>$contenuto[$cf]</pre>
le righe sono esatte, iniziano con "PROVA" 
PS: Mi sono accorto adesso che aprendo il file con l'editor VI di Linux all'inizio e alla fine di ogni riga ora c'è questo simbolo che ieri non c'era: ^M