Ho ipotizzato vista la richiesta che non vi fosse un cambio pagina, pertanto ho imposto l'apertura della pagina di destinazione dei due checkbox con window.open nel caso che non serva basta cambiare con location.href:
codice:
<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Language" content="it">
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=windows-1252">
<title>Nuova pagina 1</title>
<script type="text/javascript">
function Invia(id1,id2,pag){
if(document.getElementById(id1).checked){
document.getElementById(id2).setAttribute('disabled','disabled');
window.open(pag,'"+id1+"','width=500,height=500').focus()
}else{
document.getElementById(id2).removeAttribute('disabled');
}
}
</script>
</head>
<body>
Apri pagina 1
<input type="checkbox" name="C1" id="C1" value="ON" onclick="Invia('C1','C2','pagina_1.htm')">
</p>
Apri pagina 2
<input type="checkbox" name="C2" id="C2" value="ON" onclick="Invia('C2','C1','pagina_2.htm')">
</p>
</body>
</html>