I livelli a cui ti riferisci non sono legati ad actionscript, si tratta di livelli virtuali utilizzati nell'IDE di flash per facilitare le operazioni di creazione dei filmati, ma al momento dell'esportazione vengono "fusi" in un unico livello della root, con segno negativo.
Potresti provare a portare i due elementi in un livello vero di actioscript e poi gestirne le profondità con AS, ma non so se possa funzionare.
Per farlo dovresti usare la funzione swapDepths sull'elemento che ti interessa.