Ciao,
di solito un progetto web deployato su tomcat prevede la seguente struttura di cartelle:
Tomcat
--webapps
------applicazione
-------- ....
----------Web-inf
----------web.xml
--------------classes
--------------lib
E' possibile fare funzionare ugualmente un'applicazione, e se si come, avendo una struttura di cartelle del tipo seguente, che differisce dalla precedente per avere "cartellagruppoapplicazioni" come cartella contenitore per la cartella contenente l'applicazione vera e propria:
Tomcat
--webapps
------cartellagruppoapplicazioni
----------applicazione
---------- ....
--------------Web-inf
--------------web.xml
------------------classes
------------------lib