solo per precisare che ho risolto...
in pratica linkavo le librerie .js in modo da andare a riprenderle da una cartella nella root in cui erano condivise con altre pagine extra WP, così:
codice:
<script type="text/javascript" src="../stuff/js/prototype.js"></script>
<script type="text/javascript" src="../stuff/js/effects.js"></script>
ecc.
invece che così (con le chiamate corrette di WP):
codice:
<script type="text/javascript" src="<?php bloginfo('template_directory'); ?>/stuff/js/prototype.js"></script>
<script type="text/javascript" src="<?php bloginfo('template_directory'); ?>/stuff/js/effects.js"></script>
ecc.
ora è tutto a posto, anche in mod_rewrite
un saluto a tutti