Quello che farei io è estrarre la parte che ti legge l'header in un metodo a parte che usa if-else e ti ritorna un boolean se è andato a buon fine o meno
codice:
...
if(leggiHeader(fileInput)) {
while(fileInput.hasNextLine() {
// gestisco il resto del file
}
} else {
// gestisci file senza header
}
...
private static boolean leggiHeader(Scanner fileInput) {
if(fileInput == null || !fileInput.hasNextLine()) return false;
String primaRiga = fileInput.nextLine();
// gestisci prima riga
if(!fileInput.hasNextLine()) return false;
String secondaRiga = fileInput.nextLine();
// gestisci seconda riga
return true;
}
...