Grazie per la risposta,
avevo risolto cosi', ma credo sia sbagliato...
Codice PHP:
<?php
foreach ($aShopList as $keyWarehouse=>$valueWarehouse){
$contador++;
if($contador>4){break;}
?>
elem[0]="<?=$valueWarehouse['yMap'] ?>";
elem[1]="<?=$valueWarehouse['xMap'] ?>";
marcadores.push(elem[0]);
marcadores.push(elem[1]);
<?php
}
?>
Grazie ancora

Edit
Chiaramente quella di Fcaldera funziona benissimo e sto utilizzando il suo suggerimento.
Se dovesse servire a qualcuno, per leggere in seguito l'array (in javascript), faccio cosi'
Codice PHP:
for(i=0; i < marcadores.length; i++) {
//alert(marcadores[i][0]);
//alert(marcadores[i][1]);
//alert(marcadores[i][2]);
icono.image = "images_localizador.php?logo="+marcadores[i][2];
icono.iconSize = new GSize(50, 38);
icono.iconAnchor = new GPoint(37, 59);
icono.infoWindowAnchor = new GPoint(31, 8);
var latlng = new GLatLng(marcadores[i][0],marcadores[i][1]);
var marker = new GMarker(latlng,icono);
markers.push(marker);
}