una matrice e' un array che contiene altri array
l' array contenitore rappresenta le righe, ogni elemento di esso e' un array "colonna"
lo splice lo fai sulla riga
esempio semplificato al massimo
codice:
var matrice=[['a','b','c'],['d','e','f'],['g','h','i']];
function rimuovi(r,c){
matrice[r].splice(c,1)
disegnaMatrice()
}
function disegnaMatrice(){
var t='<table><tbody>'
for(var riga=0,l=matrice.length;riga<l;++riga){
t+='<tr>'
for(var colonna=0,k=matrice[riga].length;colonna<k;++colonna){
t+='<td>'+matrice[riga][colonna]+'</td>'
}
t+='</tr>'
}
t+='</tbody></table>'
document.getElementById('contenitore').innerHTML=t
}
window.onload=disegnaMatrice;
<div id="contenitore"></div>
ciao