Beh considerando che php viene eseguito sul server mentre javascript sul client non devi fare altro che invocare o meno la funzione javascritp.
alla fine della pagina scrivi
codice:
<php
if(_condizione_)
{
echo '<script type="text/javascript">
nome_funzione_javascripit();
</script>
';
}
?>
Cosi la funzione verrà chiamata.
Se usi jquery puoi metterla dentro la funzione
codice:
$(document).ready(function() {
<php
if(_condizione_)
{
echo '<script type="text/javascript">
nome_funzione_javascripit();
</script>
';
}
?>
});