Ah ok, ehehe, non sapevo 
Dunque. Per linux devi connetterti a mysql da consolle.
Inserisci la password di root e poi
codice:
mysql > use database_name
mysql > source nome_file.sql
Dovresti ottenere qualcosa del tipo
codice:
#mysql -u root -p
Enter password:
Welcome to the MySQL monitor. Commands end with ; or \g.
Your MySQL connection id is 2807
Server version: 5.1.41-3ubuntu12.9 (Ubuntu)
Type 'help;' or '\h' for help. Type '\c' to clear the current input statement.
mysql> use unidata
Reading table information for completion of table and column names
You can turn off this feature to get a quicker startup with -A
Database changed
mysql> source 2010100318_unidata.sql
Query OK, 19 rows affected (0.01 sec)
Records: 19 Duplicati: 0 Avvertimenti: 0
Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)
Query OK, 69 rows affected (0.02 sec)
Records: 69 Duplicati: 0 Avvertimenti: 0
Query OK, 98 rows affected (0.05 sec)
Records: 98 Duplicati: 0 Avvertimenti: 0
Query OK, 345 rows affected (0.07 sec)
Records: 345 Duplicati: 0 Avvertimenti: 0
Query OK, 467 rows affected (0.07 sec)
Records: 467 Duplicati: 0 Avvertimenti: 0
mysql>
Per windows credo che sia uguale (non uso windows), fatto da un prompt dei comandi