[C] Compilare da riga di comando un progetto fatto con Eclipse

[fbcyborg]

Salve a tutti,

non riesco a capire come si fa a compilare da riga di comando un progetto in C fatto con Eclipse. Siccome la macchina dove devo eseguire il codice in questione non ha interfaccia grafica, e oltretutto sto lavorando da remoto, avrei la necessità di compilare questo progetto da riga di comando.
Ovviamente da Eclipse non ci sono problemi. Il progetto ha anche diverse sottodirectory e nella Directory Debug c'è anche il makefile però anche dando un bel make da dentro quella dir non riesco a fare nulla.
Come si fa?

Ora sto provando con

make --makefile=Debug/makefile all

Dalla root del progetto ma non funziona.

Building target: EncryptFiles 
Invoking: GCC C Linker gcc  -o"EncryptFiles"    
gcc: no input files 
make: *** [EncryptFiles] Error 1

Forse manca qualche altra opzione?

[fbcyborg]

Non si può fare eh?